Cholnoky a geográfia szinte minden ágát eredményesen művelte, de a társadalomtudományok (többek között a történelem), a hidrológia, a klimatológia terén is alapvető megfigyeléseket tett. Maradandó értékeket teremtett a geomorfológia, a karszt-, a település-, az ember- és a regionális földrajz területén. Kiemelkedő szerepet vállalt a Balaton-kutatásban, szerkesztette a Balatoni Szemle című lapot. Kínai utazásáról készült útinaplója a néprajztudomány számára is értékes. A Spitzbergákra tett utazása mellett kiemelkedik a Teleki Pál társaságában tett észak-amerikai útja. Európa csaknem valamennyi országát bejárta. 1898 és 1905 között az Magyar Földrajzi Társaság titkára, ezután 1911-ig főtitkára, 1911-től 1944-ig elnöke volt.
Gazdag publikációs hagyatéka közel ötvenkötetnyi könyvet és hétszáz különféle tudományos és ismeretterjesztő cikket tartalmaz. Ezek között találunk számos atlaszt, térképet. Kogutowicz Manó, aki 1890-ben megalapította az Magyar Földrajzi Társaságot, először 1896-ban kérte fel közreműködésre, térképkészítésre. Gazdag publikációs hagyatéka közel ötvenkötetnyi könyvet és hétszáz különféle tudományos és ismeretterjesztő cikket tartalmaz. Ezek között találunk számos atlaszt, térképet.
Forrás: Nemes Erzsébet: Cholnoky Jenő. In: Portrék a magyar statisztika és népességtudomány történetéből. Életrajzi lexikon a XVI. századtól napjainkig. Főszerk.: Rózsa Dávid. Budapest, 2014, KSH Könyvtár. 135–136. p.